A espécie convive facilmente com os humanos, com tendência a agregar-se, ainda que sejam insectos pouco sociais. As moscas-domésticas podem ser portadoras de enfermidades infecto-contagiosas que podem transmitir ao alimentarem-se sobre alimentos humanos que contaminam.
A via de contaminação dos alimentos é dupla: por contacto das patas e do aparelho bucal ductor, particularmente através dos fluidos gástricos e restos de alimento anteriormente ingerido que regurgitam antes de se alimentarem. Algumas das doenças susceptíveis de transporte vectorial por M. domestica são febres tifoides, cólera, salmoneloses, disenteria por bacilos, tuberculose, carbúnculo e também alguns vermes parasitas. Excepcionalmente também pode ocasionar miíase.
Algumas variedades podem ser imunes a insecticidas. Estes insectos são considerados uma das piores pragas domésticas, superando os mosquitos, formigas e baratas. Apesar de existirem métodos caseiros de tentar-se mantê-las afastadas, a desinsetização por empresas especializadas ainda é o método mais eficaz de controle dessa praga urbana.